本发明提供了一种组织样品快速检测系统、检测方法及应用，该组织样品检测系统包含染色试剂盒、组织样品检测装置和显微镜，本发明的染色试剂盒包括以下试剂：组织处理液、苏木素溶液、分化液、返蓝液和清洗液，组织处理液为含有曲拉通X‑100的缓冲液，或者为含有曲拉通X‑100和I型胶原酶的缓冲液。组织样品检测装置包含固定装置和检测单元。本发明组织处理液能够增加组织的透光性和通透性，便于苏木素渗透到组织内部，从而提高厚组织样品的苏木素染色效果。本发明的染色试剂和组织样品检测装置，能够实现较厚的组织样品直接染色，处理后即可直接在显微镜下观察组织结构和细胞形态，能够将检测时间由原来的36h缩短至30min。