本申请涉及一种微裂纹检测方法、装置、系统以及样品制备方法。所述微裂纹检测方法包括分析待测样品的二次离子，获取待测样品内各组成成份的质谱特征峰信息以及各组成成份对应的空间分布信息；在各空间分布信息中提取与标准质谱特征峰信息相同的质谱特征峰信息对应的组成成份的空间分布信息，得到填充剂空间分布信息；标准质谱特征峰信息为填充剂内各成份的质谱特征峰信息；基于数据重构处理各填充剂空间分布信息，获取待测样品内的微裂纹的三维形貌图，能够通过二次离子分析微裂纹的空间分布得到完整的微裂纹的三维形貌图，通过三维形貌图可明确微裂纹的起源，并可准确获取微裂纹的延伸扩展路径，进而，实现准确表征微裂纹。