本发明提供了一种储层损害评估系统和储层损害的评估方法，其中，储层损害评估系统包括基质模块、裂缝模块、第一正向气体管路、第二正向气体管路、第三正向气体管路和第三水相污染管路，第一正向气体管路的第一端与气体驱替模块连通，第二端与气体流量计连通；第二正向气体管路的第一端与气体驱替模块连通，的第二端与气体流量计连通；第三正向气体管路的第一端与气体驱替模块连通，第二端与气体流量计连通；第三水相污染管路的第一端与液体驱替模块连通，第二端与第二液相收集模块连通。本发明解决了现有技术中的储层损害评估系统无法对经钻井液污染后的致密裂缝性储层的基质和裂缝的损害程度进行有效地评估的问题。