本发明涉及油田勘探技术领域，公开一种细菌损害储层的建模方法、确定储层损害程度的方法及其系统。所述建模方法包括：根据待诊断井的预设区域内的储层的温度分布场，确定细菌的生长速率；根据细菌在储层岩石表面上的附着量、细菌的生长速率与衰亡速率，确定细菌在所述岩石表面上的总量；建立所述流体中的细菌的表观浓度分布方程；建立所述营养物的表观浓度分布方程；以及根据所述营养物的表观浓度分布方程与所述流体中的细菌的表观浓度分布方程，确定细菌损害储层的时空演化模拟方程。本发明可定量模拟由细菌引起的储层损害特征的四维时空演化过程，从而对未发生储层损害的井进行储层损害定量预测和损害规律时空推演。