本申请公开了一种微波烹饪电器及其控制方法、存储介质。微波烹饪电器包括腔体、至少两个射频微波源和至少两个空间辐射单元，射频微波源连接对应空间辐射单元，射频微波源发射的微波经空间辐射单元馈入腔体。控制方法包括接收到开始加热指令的情况下，第一加热模式控制至少两个射频微波源发射微波至腔体内使整个食物温度提升；第一加热模式完成，第二加热模式控制至少两个射频微波源发射微波至腔体内加热腔体内食物中间区域，第一加热模式和第二加热模式包括频率和相位差。控制方法利用至少两个射频微波源调节频率和相位差，频率和相位差来确定第一加热模式和第二加热模式，先后通过第一加热模式和第二加热模式加热食物，提升食物的均匀加热效果。