本申请公开了一种控制方法、微波烹饪电器和存储介质。控制方法用于微波烹饪电器，微波烹饪电器包括腔体、微波发生装置和至少两个空间辐射单元。微波发生装置包括至少两个射频微波源，空间辐射单元连接射频微波源和腔体，射频微波源发射微波辐射至腔体内。控制方法包括输入指令选择食物信息和加热效果；根据食物信息和加热效果，获取食物各个阶段的加热方案，加热方案为各个加热阶段中，分配到加热阶段频率和相位差的组合下的微波能量；根据加热阶段的加热方案控制射频微波源工作。本申请采用射频微波源，根据食物信息和加热效果获取食物加热方案，加热方案包括频率和相位差的组合下的微波能量，从而控制射频微波源运行，提升食物的加热均匀性。