本发明公开了一种换电站及其电池转运的控制方法和控制系统，控制方法，应用于包括换电设备和码垛机的换电站，换电设备包括可升降的电池承载平台，码垛机包括可升降的电池伸出机构，电池伸出机构可水平伸缩；电池承载平台上用于放置第一电池；电池转运控制方法包括以下步骤：控制换电设备和码垛机移动至电池交换区域，且电池承载平台处于第一预设高度，电池伸出机构处于第二预设高度，第一预设高度大于第二预设高度；控制电池伸出机构水平伸出至电池承载平台的下方；控制电池承载平台下降至第三预设高度，以使得第一电池转移至电池伸出机构上。本发明通过对换电设备和码垛机升降高度的控制能够快速高效地实现将电池从换电设备转移到码垛机。