本发明公开了一种磁兼容的光学脑功能成像方法与装置。经中继光路将光学相干断层成像系统的输出扫描光束传递至磁共振成像装置；基于光学相干技术进行脑组织三维空间光学散射信号探测，同时通过磁共振成像装置进行磁共振成像探测获得脑组织磁共振信号；进行事件刺激，基于快速动态特性提取血流信号；然后基于事件刺激的动态特性提取非血流区域的神经组织响应信号。本发明能在核磁共振成像条件下同步开展光学相干成像，实现高分辨的神经组织和血流动力学的响应信号获取，将OCT扫描光束传递至MRI机器区样品位置，不存在成像的窜扰现象，能实现无标记、高分辨率的三维结构成像和血流成像。