本发明公开了一种消减黄连连作障碍的有效方法，包括以下步骤：S1旱田改水田；选择适合黄连生长的区域或地段，将地整平、耙平后，四周做好拦水田埂，第二年春季种植季节前将水源引入、进行灌水泡田，完成旱田改水田过程；S2选植株种植；选择适合冷凉气候的水生植物连续种植不少于3年；S3水改旱；在水田四周做畦、起厢沟，并使厢沟之间排水顺畅；在畦面上按株移栽整齐一致的健壮黄连种苗，按药农种植黄连的方法进行施肥、除草、病虫害防治、培土等农事操作；S4“旱改水”、“水改旱”循环操作：在种植一个周期黄连、采挖后的旱地再次进行“旱改水”过程并种植水生植物3年或以上，随后再进行“水改旱”操作后种植一季黄连，如此重复、循环操作。