本发明涉及变电所安全防护系统及其控制方法、控制装置和存储介质，所述控制方法包括：获取用户针对一组安全防护装置选择的目标工作模式；生成与目标工作模式对应的控制指令，发送给安全防护装置；在预设时长内接收安全防护装置发送的模式切换请求；并判断模式切换请求的数量是否大于第一预设值；如果大于第一预设值，则统计并判断模式切换请求中某一预设工作模式的数量是否大于第二预设值，如果大于第二预设值则生成与上述预设工作模式对应的控制指令，并发送给各安全防护装置，以切换所述各安全防护装置的工作模式。本发明通过控制指令对同一组的多个安全防护装置进行工作模式的统一切换，以保证其同步工作，提高了安全防护系统的可靠性。