本发明公开了一种基于活性巯基和报告离子的针对亲电分子的分子探针，其结构式如式(I)所示，包含报告离子基团，质量平衡基团和巯基反应基团；巯基反应基团能与天然产物或细胞等复杂基质中的亲电分子特异性地结合形成探针复合物；报告离子基团端使探针复合物形成特定的报告离子基团碎片，并在高分辨二级质谱中出现特征性报告离子峰，分辨率高和通量高，能够解决以往单纯利用复合物的荧光特性和肉眼观察复合物的色谱质谱图特征带来的问题；质量平衡基团可以实现对复杂基质中的潜在亲电化合物的定量分析，结合色谱‑多级质谱检测手段，通过对反应后探针复合物二级图谱的分析，实现高通量高灵敏地发现潜在的亲电分子的同时还大大降低共流出峰导致的假阳性率，具有较大的应用前景。