本发明涉及有机化学技术领域，尤其涉及一种氯喹光亲和分子探针及其制备方法与应用。提供的制备方法以1,4‑二溴戊烷为原材料，通过一系列的亲核取代、氢化反应、还原反应、酰胺化反应、点击反应等作用，得到N‑（4‑（（7‑氯喹啉‑4‑基）氨基）戊基）‑N‑乙基‑5‑（4‑（（2‑（3‑（2‑（丙‑2‑炔‑1‑丙氧基）乙基）‑3H‑二嗪‑3‑基）乙氧基）甲基）‑1H‑1,2,3‑三唑‑1‑基）戊二胺，即氯喹光亲和分子探针；在保留氯喹活性基团的基础上对其结构进行了修饰，引入了具有光亲和特性的二氮杂环丙烯和炔基基团，得到探针。达到对靶标蛋白进行可视化和富集鉴定的目的，使得到的氯喹光亲和分子探针应用范围广泛。