一种为基因数据库确定最佳序列比对阈值的方法，包括：1)获取蛋白质序列；2)从蛋白质序列中移除被包括在基因数据库中的序列，创建假基因数据集；3)将基因数据库中的蛋白质序列划分子类，作为真基因数据集；4)合并假基因数据集与真基因数据集，针对任意一条蛋白质序列，模拟高通量测序所产生的特定长度的DNA序列，得到模拟数据集；5)进行序列比对，对比对阈值进行取值；6)判定序列比对结果，计算真阳性、错配、假阳性、假阴性、真阴性的数量；7)计算灵敏度、准确度和马修斯相关系数；8)以相似度为X轴，E值为Y轴，灵敏度、准确度或马修斯相关系数为Z轴，绘制三维曲面图；9)在三维曲面图确定基因数据库的最佳序列比对阈值。