本发明涉及油品加氢脱硫领域，公开了一种加氢脱硫催化剂及其制备方法和应用，该方法包括：(1)采用含有镍源、任选的含助活性金属元素的化合物以及第一有机络合剂的溶液对载体进行浸渍，然后干燥、焙烧，得到半成品催化剂；(2)采用浸渍法将含有第二有机络合剂的溶液负载到半成品催化剂上，然后干燥，得到催化剂前驱体；(3)采用含有磷源的溶液对催化剂前驱体进行浸渍，然后干燥，得到预磷化的催化剂；然后将预磷化的催化剂在含氢气氛下进行还原，得到加氢脱硫催化剂；所述助活性金属元素选自Mo、Fe、Co和W中的至少一种。本发明制备的加氢脱硫催化剂的脱硫活性更高，将该加氢脱硫催化剂应用于加氢脱硫反应中时，脱硫效果更好。