本发明揭露一种基材表面处理装置，其用以输送基材至输送模组的工作区域，利用负压抽气模组负压吸附基材的表面于工作区域上；并借由加热模组对基材表面进行加热以热融其上的胶粒，最后利用抵压黏轮黏附基材表面的胶粒。若使用相邻设置并呈镜射结构的两组输送模组、负压抽气模组、加热模组与抵压黏轮，则基材输送过程中，基材的上表面先经过加热以热融其上的胶粒以及黏附胶粒，基材无须翻面的情况下，将基材的下表面再经过加热以热融其上的胶粒以及黏附胶粒，如此一来，即可让基材的上、下表面都经过除尘处理，进而可达到后续的制程良率。