本发明公开了一种图像采集背光补偿方法及系统，该方法包括以下步骤：S1：读取图像采集阵列、以及设置于图像采集阵列纵向两端的背光补偿行，获取采集图像的原始图像数据及其纵向两端的暗电流值，其中，背光补偿行的每一像素为遮住感光面的像素；S2：根据暗电流值及其纵向尺寸，通过插值获取背光补偿曲线；S3：通过背光补偿曲线分别对原始图像数据的每行图像数据进行线性补偿，还原得到真实图像数据。本申请不仅解决了全局曝光模式下采集图像的背光补偿问题，而且进一步解决了图像采集曝光调整对背光补偿的影响问题，还进一步解决了直接背光补偿中会出现断层的视觉瑕疵问题，大大改善了采集图像质量。