本发明提供一种益生菌组合物的制备及其在调节肠道菌群失衡方面的应用。其原料以重量份计,包括：长双歧杆菌菌粉1‑10份，嗜酸乳杆菌菌粉1‑10份，益生元40‑75份，葛根10‑20份、姜黄5‑15份、甘草5‑10份、车前子10‑20份。本发明提供的益生菌组合物对抗生素诱导肠道菌群失衡具有显著疗效,能够调节肠道菌群结构并显著加快被抗生素破坏肠道菌群向健康化恢复过程。采用本申请提供的益生菌组合物具有使用简单、缓解率高、无毒副作用等特点可作为大剂量使用抗生素患者预后处理。