本发明涉及一种具有改善胃健康、调节肠道菌群功能的中药组合物及其制备方法，将铁皮石斛、菥蓂、灵芝据其药材性质不同制成提取物，与超强双岐因子、超级益生元低聚木糖配伍，适量添加果胶、海藻酸钠等辅料加工制成复合中药微囊，显著提升其改善胃健康、调节肠道菌群的功能，极大提升中药中灵芝三萜、生物碱、黏多糖、倍半萜类、菲醌类等功效成分的稳定性，防止氧化酸败变性，增加中药组份的生物利用度，延长中药组合物的保质期；根据君臣佐使、性味归经、升降浮沉的中医药理念，将广藿香、拳参、荜茇、温郁金、草豆蔻、当药、石榴皮进行配伍，充分发掘止血镇痛、消炎祛肿、解表解郁、修复胃肠道黏膜的作用，为胃肠道益生菌的增殖创造有利的条件。