本申请提供了调节口腔菌群平衡的组合物、制备方法及其应用，其组合物包含常规组分和益生组分，所述益生组分包含：低聚果糖和副干酪乳杆菌。本申请的有益效果在于，提供了一种可用于保护口腔的组合物，在组合物中包含有以低聚果糖和副干酪乳杆菌组合而成的益生组分，上述两种组分在一起具有协同增效作用，能够显著增殖有益菌、提升对有害细菌如厌氧菌、变异链球菌、核梭杆菌、伴放线菌嗜血菌、牙龈卟啉单胞菌、牙龈链球菌群、韦荣氏菌群和奈瑟氏菌群等等的抑制率，解决多种口腔问题。