本发明涉及一种能够用于降解动物排泄物和植物秸秆的复合菌群、制备方法及应用。所涉及的复合菌群的制备方法，其包括以下步骤：一、按重量份计，取重量比为2:1:3:4:50的含乳酸链球菌的成品、含枯草芽孢杆菌的成品、酵母菌、红糖、水进行混合搅拌；二、加温，并保持恒温，温度在44±2℃；三、恒温持续48小时，期间需要不断搅拌；四、保持恒温的第42小时时，取易溶于水的氨基酸、乳酸链球菌菌苗、枯草芽孢杆菌苗再次加入，并不间断搅拌；五、48小时稳定后，进行过滤，得到复合菌群。本发明的复合菌群不仅对植物秸秆的降解能力强，在动物排泄物降解过程中还具有除臭效果，同时上述降解制成的生物有机肥有助于提高蔬菜产量、水果品质。