本发明公开了一种抗菌抗病毒微胶囊及其制备方法和应用。抗菌抗病毒微胶囊为以抗菌抗病毒有效成分为芯材，以合成树脂类为壳材，表面修饰有功能性化学基团的复合型微胶囊。其制备方法为：制备含抗菌抗病毒有效成分芯材；以合成树脂类为壳材，制备微胶囊；对制得的微胶囊进行表面修饰。本发明创造性地将抗菌抗病毒有效成分、合成树脂和功能性化学基团结合，通过协同增效效应，实现对所装载的抗菌抗病毒有效成分长效控释；所制备的抗菌抗病毒微胶囊具有良好的附着能力，适用范围广，对多种微生物具有接触杀灭和抗粘附作用，可保持所附着物体表面清洁；同时该微胶囊具有良好的生物相容性和长效抗菌抗病毒效果；可为公共卫生安全防护提供新的策略。