本发明公开了一种纳米级抗菌驱蚊微胶囊及其制备方法，所述抗菌驱蚊微胶囊的原料成分包括有机硅溶胶、表面活性剂、壳聚糖、驱蚊液、乙醇和去离子水，且囊壁厚度在0.10mm‑0.20mm之间，一种纳米级抗菌驱蚊微胶囊的制备方法，包括以下步骤：S1：在容器中加入定量的去离子水，将温度控制在60℃‑80℃之间，一边不停的搅拌去离子水一边向其中加入有机硅溶胶。本发明采用壳聚糖为纳米壁材，以有机硅溶胶为载体，对乳化后的驱蚊混合液进行包裹，制备得到纳米级别的抗菌驱蚊微胶囊中易挥发的驱蚊液组织成分不会率先发散完，且表面积更大，驱蚊的功效更自然、更持久，同时本发明的制备方法包裹时间短，包裹效率高，大大提高了生产效率，便于推广使用。