本发明公开了一种基于眼底图像的心脑血管疾病发生种类及风险预测方法、系统、计算机设备及存储介质。所述方法包括：S1、获取心脑血管疾病样本数据集，所述样本数据集包括过往患者的眼底图像以及三年和五年随访的心脑血管疾病的发生情况；S2、将所述样本数据集中眼底图像作为输入数据，以其中三年和五年随访的心脑血管疾病的发生情况为数据标签，输入至深度学习模型Inception‑ResNet‑V2中进行特征提取、训练及验证，构建基于眼底图像的心脑血管发生种类及风险预测模型；S3、将待测患者眼底图像输入到已构建的预测模型中，输出预测结果，所述预测结果为患者未来三年和五年的心脑血管疾病的的病种分类及发生风险等级分类。本发明基于眼底图像对心脑血管发生种类和风险进行预测，简单便捷，预测准确率高、效果好。