本发明提供一种基于区分子图挖掘的软件缺陷发现方法，涉及软件工程技术领域。该方法首先针对一个软件项目提取新旧两个版本的软件包，对新旧两个版本的软件包做相同数据预处理，构建程序的控制流图，并保存到文本文件中，获得正负两类图数据集；对保存到文本文件的控制流图中的程序语句进行哈希转化，使控制流图用程序语句哈希转化后的数值来表示；对得到的哈希转化后的正负两类图数据集进行覆盖图挖掘，得到覆盖图集；根据覆盖图集对正负两类图数据集中的控制流图均进行数据向量化；将数据向量化后的控制流图作为特征训练数据来训练极限学习机，采用投票机制得到训练模型，通过测试后的训练模型对待测程序文件进行测试，发现软件缺陷。