本申请提供的基于HPLC高频采集数据的电能表运行误差监测方法及系统，涉及电力技术领域。在本申请中，首先，获取当前时段内多个HPLC设备分别采集目标台区的台区总电能表和台区分电能表得到的总表用电量和分表用电量；其次，针对每一个分表用电量，基于预先确定的电量对应关系和分表用电量，得到分表用电量对应的线路损耗电量；然后，基于台区总表用电量、分表用电量和线路损耗电量，计算得到多个台区分电能表的总运行误差数据；最后，基于总运行误差数据和预先确定的误差比例信息，确定每一个台区分电能表的运行误差数据。基于上述方法，可以改善现有技术中存在的对台区分电能表的运行误差难以进行有效监测的问题。