本发明提供一种多模态医学图像的重建方法，包括，获取扫描对象的第一图像，基于第一图像识别扫描对象的多个器官；将第一图像按多个器官分割成多个部分，对每个部分分别赋予不同的体素值；选取多个部分中的每一个部分，分别计算每个所述部分的区域中心；将每个区域中心分别移至第一中心位置、前置位置与后置位置，分别获取第一图像的每个所述部分在所述第一中心位置、前置位置与后置位置的功能扫描数据；根据体素值对所述不同位置获取的功能扫描数据分别赋予不同的重建参数，基于重建参数重建扫描对象的功能图像。本发明提供的重建方法可以实现在同时重建多个功能图像的过程中，加速重建过程，提高多模态影像系统的使用效率。