本发明公开了一种用于检测样本污染水平的SNP位点的筛选方法及样本污染水平的检测方法，涉及生物测序技术领域，该筛选方法包括获取目标区域中人群突变频率为30％～70％的SNP位点作为候选标记位点；将单一染色体上存在的所述候选标记位点中的起始位点和终止位点之间的区域划分为多个选择区域，所述选择区域的长度为0.7～1.3Mb；若所述选择区域内存在两个及以上的候选标记位点，则选择该选择区域内等位基因频率为40％～60％且不同基因型最符合哈迪‑温格伯平衡的位点作为标记位点，并去除该区域内的其他候选标记。基于上述筛选方法筛选出的标记位点能够用于检测样本的污染水平，与现有技术相比，检测成本更低，检测准确性更高。