本发明涉及一种毛干蛋白质组样品预处理方法。它是利用油脂去除溶剂去除毛干样品上的脂质及杂质，并用剪刀剪碎，然后利用由离子液体及还原剂组成的蛋白质提取液，结合震荡、超声破碎、高温等物理作用，高效提取毛干中的蛋白质，最后利用超滤装置实现提取液置换及蛋白质组样品的预处理，获得毛干蛋白质组酶解产物，从而实现毛干蛋白质组预处理。该方法的优势在于：毛干蛋白质提取回收率高、分析覆盖度深、分析灵敏度低、抗干扰能力强、操作简单、分析通量高、适用于液质联用系统分析。