本发明提供了一种糖蛋白质组学样品前处理装置及方法，其中，所述糖蛋白质组学样品前处理装置包括移液枪枪头，以及从下至上依次填充在所述移液枪枪头内的脱脂棉、HILIC填料、C18萃取膜和混合离子交换树脂。本发明所述糖蛋白质组学样品前处理装置通过脱脂棉、HILIC填料、C18萃取膜和混合离子交换树脂的协同组合，可以实现集成化对糖蛋白样品的预富集、还原烷基化、酶解、肽段除盐及完整糖肽富集的全过程。基于所述糖蛋白质组学样品前处理装置的样品前处理方法可有效降低样本处理过程造成的样品损失并缩短样本处理时间，可实现微量蛋白样本的大规模糖蛋白质组分析，提高完整糖肽的分析灵敏度。