本发明属于组学分析方法技术领域，涉及一种代谢组学和脂质组学研究用微量样本的前处理方法及其检测方法。具体而言，该前处理方法包括对微量样本进行单相提取而得到代谢组学样本，然后进行双相提取而得到脂质组学样本；该检测方法包括配制代谢组学和脂质组学内标混合溶液，与微量样本同时进行前处理，然后进行代谢组学和脂质组学分析。该方法先后引入代谢组学内标和脂质组学内标，通过鉴定得到的物质种类来遴选同性质或同类型的内标作为参比基础，利用内标物质的峰面积和浓度分别计算样本中目标物质的浓度，能够同时获取代谢物和脂质的定性结果。