本实用新型公开了一种基于GC‑MS非靶标代谢组学的样品预处理装置，涉及植物样本预处理设备技术领域，包括制冷机构，制冷机构包括制冷箱体与箱门，制冷箱体上沿其高度方向依次设置有混合搅拌机构、超声冰浴机构与离心机构，其中，混合搅拌机构，包括驱动电机；超声冰浴机构，包括超声波仪器；离心机构，旋转电机；还包括移动板，移动板滑动连接于制冷箱的箱体内部，移动板的顶部设置有转盘；制冷箱体旁设置有控制器。本实用新型具有通过在制冷机构上沿其高度方向依次设置混合搅拌机构、超声冰浴机构与离心机构，实现了对样品预处理中多个步骤的集中处理，大大提高了工作效率，同时节省了人工，降低了研究人员的工作强度，实用性强的效果。