本申请公开了一种基于稳定同位素标记的代谢组学数据的处理方法和装置。该方法可以具体通过获取非标记样本中第一注释代谢物的同位素信息；基于同位素信息，按照预设划分条件，在待分析样本的同位素峰中确定参考同位素峰和待调整同位素峰；通过参考同位素峰顶点对应的色谱保留时间和峰边界，调整待调整同位素峰顶点对应的色谱保留时间和峰边界，得到目标同位素峰；分别计算参考同位素峰的第一同位素峰丰度值，以及目标同位素峰的第二同位素峰丰度值；通过天然同位素校正算法，校正第一同位素峰丰度值和第二同位素峰丰度值，得到待分析样本的同位素标记结果。由此，能够准确获取每个代谢物被标记的情况，以实现对生物体内代谢组进行全面的动态代谢分析。