本实用新型公开了一种用于土壤代谢组学研究的样本收集装置，涉及土壤代谢组学研究设备技术领域，包括取样筒与支撑筒，取样筒位于支撑筒的内部，取样筒的顶部连接有推杆，推杆贯穿支撑筒并延伸至支撑筒的外部，推杆上远离取样筒的一端由驱动件驱动，推杆上靠近支撑筒的一端与支撑筒设为丝杠螺母副连接。本实用新型具有通过设置驱动件驱动推杆旋转，推杆与支撑筒之间设为丝杠螺母副连接，推杆带动取样筒实现上下运动，从而实现土壤取样的功能，采用电动取样的方式，节省了人力，省时省力，提高了工作效率，并且操作方便，实用性强的效果。