本实用新型公开了一种代谢组学样品制备用前处理装置，包括支柱，所述支柱侧壁由下至上依次固接有水平设置的第一横板和第二横板，所述第一横板上竖直贯穿设有连接轴，所述连接轴可沿第一横板横向滑动，且第一横板表面开设有一条配合连接轴使用的横向滑孔，所述连接轴的顶端水平固接有一根纵向设置的连接座，所述连接座的上表面开设有滑槽，所述滑槽内部竖向滑动连接有一根滑动轴，且滑动轴的上端连接有驱动机构，所述连接轴的下焊接有水平设置的安装座，所述安装座底部设有夹具，且夹具上夹设有摇瓶。本实用新型能够对代谢组学样品制备的前处理试剂充分混合摇匀，且工作效率更高。