本发明公开了一种通用的蛋白质组学样品制备方法，包括以下步骤：蛋白质的提取和变性：向生物性样本中加入含有十二烷基磺酸钠的裂解液，裂解生物样本；残余SDS固定：加入环糊精或环糊精衍生物溶液，使得十二烷基磺酸钠与环糊精形成SDS‑环糊精复合物；脱除：在肽段纯化步骤中利用所述SDS‑环糊精复合物与肽段的亲和能力不同将其分离。本发明适用于几乎所有的蛋白质组学样品制备，包括普通的蛋白质组学样品、翻译后修饰的蛋白质组学样品，例如磷酸化肽段的样品制备，同时由于其强裂解能力，以及能配合各种裂解手段例如超声、加热，因此适用于绝大多数生物样本，包括动物、植物、真菌、细菌、组织切片等难以裂解的生物样本，故本发明通用性良好。