本发明涉及工具标定技术领域，提供了一种基于光学定位的工具标定系统及方法，系统包括：工具体位置标定模块，用于标定所述待标定工具的整体位置；尖端及径向标定模块，用于标定所述待标定工具的尖端位置或径向方向；姿态读取模块，用于读取所述第一光学标记体以及第二光学标记体的姿态信息；姿态计算模块，用于通过第一光学标记体以及第二光学标记体的姿态信息，以及所述第二光学标记体的姿态信息与待标定工具的尖端位置或径向方向的固定转换关系，计算出待标定工具的尖端位置或径向方向与第一光学标记体的转换关系。具有能够对各种不同规格形状的工具进行标定，以及适应标定在应用环境下即兴自定义相关结构的工具等优点。