本申请涉及光学偏差识别方法及装置、染色体扫描装置及存储介质，所述偏差识别方法包括：识别第一视野图像，获取第一参考位置；识别第二视野图像，获取第二参考位置；根据第一参考位置确定第二参考位置在第二视野图像中的目标位置；计算第二参考位置和目标位置的偏差值。比对第一参考位置与目标位置，有利于明确物镜转换后的偏差值，适应每一台光学显微镜的制造误差；有利于提供准确的偏差值，配合样品载物台准确地配合移动样品的位置从而有利于控制物镜转换后的观测视场重合度；有利于简化转换物镜后对于待测样品位置的调整，提升转换精度，从而配合实现自动化的光学检测；有利于简化偏差识别，在此过程中载物装置不移动，也有利于出厂调试。