本发明涉及空调技术领域，具体涉及一种风冷模块机组的恒温控制方法及系统，所述风冷模块机组包括管壳式换热器、风机以及压缩机；所述管壳式换热器进水端设置有第一温度传感器，所述第一温度传感器用于检测实时水温，所述方法为：获取设定的目标水温、实时水温、以及压缩机的当前运行状态；计算目标水温和实时水温的偏差，当所述偏差在阈值范围内时，则控制压缩机保持当前运行状态运行；当所述偏差超出阈值范围时，根据所述偏差所在的区间范围确定压缩机的运行方式和运行时长，控制压缩机在所述当前运行状态下按所述运行方式持续运行所述运行时长；本发明有效保证风冷模块机组使用侧水温平稳、恒定，避免了风冷模块机组频繁启停的问题。