本发明提供了一种激波串不稳定运动提升超燃冲压发动机燃料掺混的方法，通过超声速喷管及配气操纵台给定来流，得到超燃冲压发动机隔离段通流状态下各个压力测点的稳态数据，将隔离段沿程压力分布中波峰位置的邻域划定为隔离段内激波‑附面层干扰区域，通过燃油供给系统调节发动机当量比，改变隔离段出口不同的反压，直至压力测点信号出现周期性波动。本发明能够有效地利用激波串的不稳定运动，在没有增加额外装置以及总压损失的条件下利用激波串自身振荡特性产生的纵向不稳定流动，将燃料与发动机内主流进行掺混，采用本发明能在短距离内提升超燃冲压机燃料与空气的掺混效果，提高燃烧室的效率，提升发动机的工作性能。