本发明公开了一种基于微生物的抑菌去味制剂及其制备方法和应用。该制剂包括枯草芽孢杆菌、施氏假单胞菌、恶臭假单胞菌、短小芽孢杆菌和瑞士乳杆菌。本发明的基于微生物的抑菌去味制剂，在初期的处理新鲜牛粪的实验中，伴随着含氮有机物的降解，初期会出现pH上升过程，然后出现pH的下降过程。随着pH的下降，牛粪的恶臭味显著降低。本发明的基于微生物的抑菌去味制剂，可以显著加快降解含氮有机物，快速消除恶臭味。在旱厕和养殖场、宠物店、公厕、旱厕、下水道、污水井等臭源地，酒店、医院、会议室、市场等公共场所都可以有效降低臭气、硫化氢、氨和TVOC等气体的浓度，满足《恶臭污染物排放标准》(GB14554‑93)中的恶臭污染物厂界标准值二级标准值。