本发明提供车载质子交换膜燃料电池动态加减载控制方法及系统，属于燃料电池技术领域，根据质子交换膜燃料电池极化曲线数据，将整车需求功率转换成整车需求目标电流，确定整车实际需求目标电流，判断需要对质子交换膜燃料电池进行加载还是进行减载；若判断为需要进行加载，以加载速率对质子交换膜燃料电池进行加载到整车实际需求目标电流；若判断为需要进行减载，以减载速率对质子交换膜燃料电池进行减载到整车实际需求目标电流；将达到的整车实际需求目标电流对应到整车功率设定值。本发明从保持加减载过程中燃料电池电压的均衡性出发，通过控制电流加减载速率来减小电压波动，减缓燃料电池工作过程中催化剂的衰减，提升燃料电池系统的使用寿命。