本发明提供了一种液氢燃料电池热交换系统及控制方法，包括燃料电池电堆、液氢罐、液氢气化器、节温器、加热器、散热器、换热风扇及控制器；所述燃料电池电堆连接有氢气入堆管路和冷却液循环管路，所述液氢罐、液氢气化器设置在氢气入堆管路上，所述节温器、加热器、散热器设置在冷却液循环管路上，节温器的第一出口连接有所述散热器，第二出口连接有所述加热器，散热器和加热器的出口均与燃料电池电堆的冷却液入口连通；所述散热器与所述液氢气化器相邻设置，所述换热风扇设置在散热器和液氢气化器之间，并根据控制器的控制信号以正转或反转的模式工作。本发明能够有效提高液氢燃料电池系统的换热效率，降低系统功耗。