本发明公开了一种自由空间光通信扫描跟踪方法、系统、设备及介质，与信号光同轴的信标光依次通过第一转向镜和第二转向镜、大焦距凸透镜以及分光棱镜后，分为传播方向相互垂直的两路光束，分别进入位于大焦距凸透镜焦距处和位于焦距内的两个焦平面探测器，根据两个焦平面探测器分别采集到的图像中光束光斑与图像中心的偏差，调整第一转向镜和第二转向镜的角度，直至两个焦平面探测器采集到的图像中光束光斑均位于图像中心。本发明中，转向镜采用微步进电机和压电陶瓷相结合，既保持了粗瞄的大范围扫描和精瞄的精确微调，又降低了多个部件组件装调的对准等问题，大大减少了参数之间的变换问题，有效地减小了系统的体积和质量。