本实用新型涉及浮游微生物采样设备技术领域，尤其为一种浮游微生物采样器，包括采样器主机、采样头底座和采样头，所述采样器主机底部固定安装有支撑脚，所述采样器主机基面中心处固定安装有显示屏，所述显示屏两侧安装有控制按键，所述采样器主机侧面设有控制开关，所述控制开关下方设有充电接口，所述充电接口一侧开设有多组出气口，所述采样器主机内部中心处安装有气泵，所述气泵一侧安装有控制器，所述气泵另一侧安装有蓄电池，所述采样器主机顶部固定安装有采样头底座，所述采样头底座顶部安装有安装座，所述安装座外侧设有螺纹槽，整体设备采样快速高效，便于清洗，方便外出携带使用，具有一定的推广价值。