本实用新型公开了一种显微镜防尘保护套，包括固定板，所述固定板的侧面固定连接有收纳盒，所述收纳盒的内底壁固定连接有底板，所述底板的侧面固定连接有固定杆，所述固定杆的一端固定连接有转轴，所述转轴的侧面固定连接有活动杆，所述活动杆的一端固定连接有纵杆，所述纵杆的侧面固定连接有垫板，所述垫板的下表面嵌设有磁石，所述垫板的侧面开设有抠槽。该显微镜防尘保护套，通过设置固定板、收纳盒、固定杆、转轴、活动杆、纵杆、垫板、防尘布和底板，便于使垫板通过纵杆、活动杆和转轴翻转，并使垫板和纵杆带动防尘布和底布收进固定板和收纳盒中，从而达到使显微镜放入扇形保护套中，使显微镜在不使用时具有防尘的效果。