一种立体仓库自动输送分拣系统，包括主传送架，所述主传送架包括机架及设置在机架上的传送辊，所述传送辊直接设置有间隙，所述主传送架上设置有扫描装置，主传送架上设置有下料斜坡，主传送架有分拣装置，所述分拣装置包括分拣架及动力缸，所述分拣架包括固定板及导向板，导向板朝向传送辊直接的间隙，所述动力缸包括缸体及活塞杆，所述缸体固定在机架上，所述活塞杆的顶出端与固定板相连，当活塞杆向上移动时，导向板从下至上伸出传送辊之间的间隙，通过传送辊运送货物，经过扫描装置，如果不合格则启动分拣装置，分拣架提升并将货物导入到下料斜坡进行收集，整个程序准确快捷，自动的将货物进行分拣，效率高，有效的节省了人力物力。