本实用新型提供一种牡丹籽分离机，包括座架、开关、切割装置和筛选装置，筛选装置包括筛选架、筛选网和震动电机，筛选架的上部铺设有筛选网，筛选架设有震动电机，切割装置设在筛选装置上方靠近开关的一端，切割装置包括支撑架、切割架和切割件，支撑架设在支撑平台上，支撑架上端连接切割架，切割架的中部设有水平向的切割件，切割件包括切割转轴和切割片，切割转轴上阵列有多个竖向设置的切割片，切割片之间设有一个竖向的挡板。将需要分离的牡丹放入切割装置中，切割后的牡丹与牡丹皮全部落入筛选装置，没有开裂的牡丹在通过切割后已经不能包裹住牡丹皮，再通过筛选装置的震动过后，牡丹籽可以脱离牡丹皮，从而将牡丹籽从牡丹皮中分离出来。