本实用新型提供了一种三箱式拖拉机传动系，包括：第一箱、第二箱和第三箱，所述第一箱和所述第二箱对接装配，所述第二箱和所述第三箱对接装配，所述第一箱内设置有动力输入轴总成和梭形换挡机构，所述第二箱内设置有主变速总成，所述第三箱内设置有副变速总成和动力输出机构，其中，所述主变速总成包括主变速被动齿轮轴，所述副变速总成包括副变速常啮被动齿轮，所述主变速被动齿轮轴与所述副变速常啮被动齿轮处于常啮状态。根据本实用新型的三箱式拖拉机传动系及轮式拖拉机，主、副变速独立，整机速度能匹配不同农艺作业，换挡结构件较轻，操作更顺畅、舒适，装调高效。