本实用新型公开了一种变性淀粉粉碎筛分系统，包括机架、超细粉磨、筛分机、风机、旋风收集器和布袋除尘器，所述机架分为上下两层，其中筛分机设置在机架的上层、超细粉磨设置在机架的下层，机架的一侧设有布袋除尘器，另一侧设有风机，所述超细粉磨的上方设有进料斗，超细粉磨的一侧设有出料口，超细粉磨的出料口通过管道与风机的进风口连通，风机的出风口通过管道与旋风收集器一侧的进风口连接，旋风收集器上方的粉尘口通过倒U形管与布袋除尘器的进口连接，旋风收集器的收集口通过管道与筛分机的进口连通。本实用新型能有效提高产品质量，能得到粒径较为统一的细粉产品，满足客户要求，实际生产应用中几乎不产生粉尘，降低了工人的劳动强度。