本实用新型涉及干燥灭菌技术领域，公开了一种太阳能热泵与微波多能互补的联合干燥灭菌设备，包括依次连接的太阳能温室、太阳能集热器加热系统、输料微波干燥灭菌系统、热泵余热回收增焓系统、除湿装置和气体处理系统；太阳能集热器加热系统设置在输料微波干燥灭菌系统的上部，用于加热对太阳能温室内的物料进行对流加热的空气；输料微波干燥灭菌系统用于对物料进行干燥灭菌；热泵余热回收增焓系统用于回收利用排气余热对进入太阳能温室内的干燥气体进行预热；太阳能温室排气口与气体处理系统的进气口连接，输料微波干燥灭菌系统的排气口与气体处理系统的进气口连接。该联合干燥灭菌设备具有环保、能源利用率高、节省能源的优点。